MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Staphylococcus warneri SG1 plasmid clone pvSw6 genomic sequence

Total Repeats: 171

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020268	T	6	6	2	7	0 %	100 %	0 %	0 %	449338639
2	NC_020268	TTC	2	6	15	20	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	449338639
3	NC_020268	ATG	2	6	74	79	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	449338639
4	NC_020268	AT	3	6	112	117	50 %	50 %	0 %	0 %	449338639
5	NC_020268	TAG	2	6	144	149	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	449338639
6	NC_020268	AGA	2	6	208	213	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020268	ATA	2	6	262	267	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020268	GAATTA	2	12	312	323	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	449338640
9	NC_020268	ATTG	2	8	360	367	25 %	50 %	25 %	0 %	449338640
10	NC_020268	TAA	2	6	374	379	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	449338640
11	NC_020268	TCTT	2	8	389	396	0 %	75 %	0 %	25 %	449338640
12	NC_020268	TAT	2	6	397	402	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	449338640
13	NC_020268	TGTT	2	8	409	416	0 %	75 %	25 %	0 %	449338640
14	NC_020268	T	6	6	420	425	0 %	100 %	0 %	0 %	449338640
15	NC_020268	TGA	2	6	449	454	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	449338640
16	NC_020268	GATA	2	8	500	507	50 %	25 %	25 %	0 %	449338640
17	NC_020268	TGA	2	6	557	562	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	449338640
18	NC_020268	TAA	2	6	590	595	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	449338640
19	NC_020268	T	6	6	608	613	0 %	100 %	0 %	0 %	449338640
20	NC_020268	TGA	2	6	650	655	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	449338640
21	NC_020268	AGA	2	6	674	679	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	449338640
22	NC_020268	TAAA	2	8	697	704	75 %	25 %	0 %	0 %	449338640
23	NC_020268	T	6	6	747	752	0 %	100 %	0 %	0 %	449338640
24	NC_020268	AAT	2	6	754	759	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	449338640
25	NC_020268	T	7	7	769	775	0 %	100 %	0 %	0 %	449338641
26	NC_020268	T	6	6	794	799	0 %	100 %	0 %	0 %	449338641
27	NC_020268	TTC	2	6	811	816	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	449338641
28	NC_020268	T	6	6	856	861	0 %	100 %	0 %	0 %	449338641
29	NC_020268	GTTT	2	8	864	871	0 %	75 %	25 %	0 %	449338641
30	NC_020268	TAA	2	6	883	888	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	449338641
31	NC_020268	ATTT	2	8	889	896	25 %	75 %	0 %	0 %	449338641
32	NC_020268	TATT	2	8	1014	1021	25 %	75 %	0 %	0 %	449338641
33	NC_020268	TATT	2	8	1029	1036	25 %	75 %	0 %	0 %	449338641
34	NC_020268	T	7	7	1035	1041	0 %	100 %	0 %	0 %	449338641
35	NC_020268	TGT	2	6	1074	1079	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	449338641
36	NC_020268	ATA	2	6	1106	1111	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	449338641
37	NC_020268	A	6	6	1132	1137	100 %	0 %	0 %	0 %	449338641
38	NC_020268	T	6	6	1168	1173	0 %	100 %	0 %	0 %	449338641
39	NC_020268	TCA	2	6	1190	1195	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	449338641
40	NC_020268	ATT	2	6	1199	1204	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	449338641
41	NC_020268	GTTA	2	8	1216	1223	25 %	50 %	25 %	0 %	449338641
42	NC_020268	CTA	2	6	1229	1234	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	449338641
43	NC_020268	TTTTAT	2	12	1242	1253	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	449338641
44	NC_020268	TTC	2	6	1288	1293	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	449338641
45	NC_020268	A	6	6	1343	1348	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_020268	TTG	2	6	1392	1397	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
47	NC_020268	AGG	2	6	1451	1456	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020268	TAT	2	6	1464	1469	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	449338642
49	NC_020268	TGA	2	6	1538	1543	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	449338642
50	NC_020268	GATT	2	8	1605	1612	25 %	50 %	25 %	0 %	449338642
51	NC_020268	A	6	6	1655	1660	100 %	0 %	0 %	0 %	449338642
52	NC_020268	AGTT	2	8	1682	1689	25 %	50 %	25 %	0 %	449338642
53	NC_020268	ATG	2	6	1706	1711	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	449338642
54	NC_020268	ATTT	2	8	1712	1719	25 %	75 %	0 %	0 %	449338642
55	NC_020268	A	6	6	1731	1736	100 %	0 %	0 %	0 %	449338642
56	NC_020268	A	6	6	1766	1771	100 %	0 %	0 %	0 %	449338642
57	NC_020268	GAA	2	6	1848	1853	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	449338643
58	NC_020268	GAT	2	6	1863	1868	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	449338643
59	NC_020268	GAT	2	6	1908	1913	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	449338643
60	NC_020268	A	6	6	1917	1922	100 %	0 %	0 %	0 %	449338643
61	NC_020268	T	6	6	1935	1940	0 %	100 %	0 %	0 %	449338643
62	NC_020268	TGA	2	6	1997	2002	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	449338643
63	NC_020268	AT	3	6	2014	2019	50 %	50 %	0 %	0 %	449338643
64	NC_020268	TTAT	2	8	2035	2042	25 %	75 %	0 %	0 %	449338643
65	NC_020268	A	6	6	2051	2056	100 %	0 %	0 %	0 %	449338643
66	NC_020268	GAA	2	6	2109	2114	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	449338643
67	NC_020268	TAAT	2	8	2158	2165	50 %	50 %	0 %	0 %	449338643
68	NC_020268	AAT	2	6	2179	2184	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	449338643
69	NC_020268	AGG	2	6	2188	2193	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
70	NC_020268	T	6	6	2251	2256	0 %	100 %	0 %	0 %	449338644
71	NC_020268	A	6	6	2261	2266	100 %	0 %	0 %	0 %	449338644
72	NC_020268	TTA	2	6	2277	2282	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	449338644
73	NC_020268	A	7	7	2289	2295	100 %	0 %	0 %	0 %	449338644
74	NC_020268	GAA	2	6	2315	2320	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	449338644
75	NC_020268	AGA	2	6	2431	2436	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	449338644
76	NC_020268	GTA	2	6	2442	2447	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	449338644
77	NC_020268	ATAA	2	8	2474	2481	75 %	25 %	0 %	0 %	449338644
78	NC_020268	TGA	2	6	2548	2553	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	449338644
79	NC_020268	GAA	2	6	2617	2622	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	449338644
80	NC_020268	AAC	3	9	2625	2633	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	449338644
81	NC_020268	AAT	2	6	2643	2648	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	449338644
82	NC_020268	GAC	2	6	2698	2703	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	449338645
83	NC_020268	TAT	2	6	2712	2717	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	449338645
84	NC_020268	T	6	6	2720	2725	0 %	100 %	0 %	0 %	449338645
85	NC_020268	ATA	2	6	2733	2738	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	449338645
86	NC_020268	ATT	3	9	2739	2747	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	449338645
87	NC_020268	GTT	2	6	2756	2761	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	449338645
88	NC_020268	TA	3	6	2766	2771	50 %	50 %	0 %	0 %	449338645
89	NC_020268	AAAT	2	8	2791	2798	75 %	25 %	0 %	0 %	449338645
90	NC_020268	ATT	2	6	2821	2826	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	449338645
91	NC_020268	TTA	2	6	2844	2849	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	449338645
92	NC_020268	ATTG	2	8	2897	2904	25 %	50 %	25 %	0 %	449338645
93	NC_020268	TATCT	2	10	2933	2942	20 %	60 %	0 %	20 %	449338645
94	NC_020268	A	6	6	2945	2950	100 %	0 %	0 %	0 %	449338645
95	NC_020268	AAAAT	2	10	2962	2971	80 %	20 %	0 %	0 %	449338645
96	NC_020268	ATA	2	6	2992	2997	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	449338645
97	NC_020268	AAT	2	6	3062	3067	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	449338645
98	NC_020268	GAAA	2	8	3074	3081	75 %	0 %	25 %	0 %	449338645
99	NC_020268	GAT	2	6	3108	3113	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	449338645
100	NC_020268	AGT	2	6	3143	3148	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	449338645
101	NC_020268	TAT	2	6	3201	3206	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	449338645
102	NC_020268	AT	4	8	3242	3249	50 %	50 %	0 %	0 %	449338645
103	NC_020268	TGA	2	6	3506	3511	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	449338645
104	NC_020268	GAAT	2	8	3518	3525	50 %	25 %	25 %	0 %	449338645
105	NC_020268	ATTG	2	8	3542	3549	25 %	50 %	25 %	0 %	449338645
106	NC_020268	ATA	2	6	3559	3564	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	449338645
107	NC_020268	A	6	6	3590	3595	100 %	0 %	0 %	0 %	449338645
108	NC_020268	TGA	2	6	3596	3601	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	449338645
109	NC_020268	A	6	6	3609	3614	100 %	0 %	0 %	0 %	449338645
110	NC_020268	AAT	2	6	3648	3653	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	449338645
111	NC_020268	TGA	2	6	3668	3673	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	449338645
112	NC_020268	ATG	2	6	3702	3707	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	449338645
113	NC_020268	AG	4	8	3716	3723	50 %	0 %	50 %	0 %	449338645
114	NC_020268	TGA	2	6	3784	3789	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	449338645
115	NC_020268	ACA	2	6	3797	3802	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	449338645
116	NC_020268	AGAC	2	8	3879	3886	50 %	0 %	25 %	25 %	449338645
117	NC_020268	AG	3	6	3888	3893	50 %	0 %	50 %	0 %	449338645
118	NC_020268	TAG	2	6	3902	3907	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	449338645
119	NC_020268	AT	3	6	3913	3918	50 %	50 %	0 %	0 %	449338645
120	NC_020268	AC	3	6	3964	3969	50 %	0 %	0 %	50 %	449338645
121	NC_020268	GAA	2	6	4101	4106	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
122	NC_020268	TTA	2	6	4299	4304	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	449338646
123	NC_020268	ATTT	2	8	4306	4313	25 %	75 %	0 %	0 %	449338646
124	NC_020268	ATT	2	6	4328	4333	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	449338646
125	NC_020268	GTT	2	6	4343	4348	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	449338646
126	NC_020268	A	6	6	4418	4423	100 %	0 %	0 %	0 %	449338646
127	NC_020268	ATT	2	6	4445	4450	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	449338646
128	NC_020268	ATT	2	6	4532	4537	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	449338646
129	NC_020268	AAAT	2	8	4538	4545	75 %	25 %	0 %	0 %	449338646
130	NC_020268	TATTT	2	10	4577	4586	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_020268	T	6	6	4628	4633	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_020268	GTATCA	2	12	4638	4649	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
133	NC_020268	GAA	2	6	4698	4703	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
134	NC_020268	A	7	7	4879	4885	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_020268	A	6	6	4893	4898	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_020268	TGA	2	6	4951	4956	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
137	NC_020268	ACA	2	6	5024	5029	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
138	NC_020268	T	6	6	5070	5075	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_020268	C	6	6	5077	5082	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
140	NC_020268	TAA	2	6	5089	5094	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_020268	G	7	7	5095	5101	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
142	NC_020268	GAA	2	6	5103	5108	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
143	NC_020268	CAT	2	6	5120	5125	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
144	NC_020268	GAC	2	6	5136	5141	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
145	NC_020268	AGG	2	6	5180	5185	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
146	NC_020268	ATT	2	6	5279	5284	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	449338647
147	NC_020268	GAA	2	6	5308	5313	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	449338647
148	NC_020268	AATG	2	8	5352	5359	50 %	25 %	25 %	0 %	449338647
149	NC_020268	GTG	2	6	5360	5365	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	449338647
150	NC_020268	TCA	2	6	5431	5436	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	449338647
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152	NC_020268	TTA	2	6	5548	5553	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	449338647
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161	NC_020268	AT	3	6	5740	5745	50 %	50 %	0 %	0 %	449338647
162	NC_020268	TAA	2	6	5784	5789	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	449338647
163	NC_020268	A	6	6	5788	5793	100 %	0 %	0 %	0 %	449338647
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167	NC_020268	A	7	7	5837	5843	100 %	0 %	0 %	0 %	449338647
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169	NC_020268	TA	3	6	5954	5959	50 %	50 %	0 %	0 %	449338648
170	NC_020268	TCTT	2	8	6023	6030	0 %	75 %	0 %	25 %	449338648
171	NC_020268	GTTTAA	2	12	6098	6109	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	449338648

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.